Es el tercer faro más antiguo del mundo en funcionamiento, después de la Torre de Hércules (A Coruña) y la Linterna de Génova. Las primera noticias de su existencia aparecen en el codicilo otorgado en 12 de septiembre del año 1300 por el Rey Jaime II de Mallorca al testamento de dicho Rey conservado en la Biblioteca Nacional de París. El primitivo faro no se hallaba en el lugar actual sino sobre la loma ocupada hoy por el Fuerte de San Carlos y así se aprecia en el cuadro de San Jorge de Pere Niçard de finales del siglo XV. En aquel tiempo el faro se encendía cada día desde el 8 de septiembre hasta Pentecostés y prestó así servicio hasta 1353 en que se suspendió por el ruinoso estado de la torre y de la linterna. El privilegio otorgado en Valencia por Pedro IV de Aragón, en 2 de diciembre de 1369, destina para consumo del faro las muestras del aceite que entraban en la Ciudad y se habían exhibido en el Mercado de la Cuartera; este documento se conserva en el Archivo Histórico de la Corona de Aragón. La instalación luminosa del faro consistía en unas pequeñas lámparas de chapa de hierro alojadas en un bastidor en el interior de la linterna y con mechas sostenidas por medio de corchos. En 1374 se establece que el funcionamiento del faro sería desde el 29 de septiembre, fiesta de San Miguel, hasta el día de Pascua acortando pues el periodo primitivo de funcionamiento.
En 1385 el Gobernador de Mallorca publicó un bando previniendo que quienes rompiesen los cristales de la linterna serían castigados con un día natural en la picota si fuesen menores de doce años y con la pérdida de la mano derecha si fueran mayores de esta edad y ello solo en caso de cometer la falta de día pues si se realizara de noche se castigaría con la horca.
A lo largo del siglo XVI se produce un notable aumento de la actividad de los corsarios turcos y berberisco; ello mueve a los jurados del Reino de Mallorca a instar la construcción de un fuerte en la península de San Carlos. La experiencia demostró pronto que eran incompatibles la existencia del faro y la del fuerte pues el estruendo de los disparos de los cañones rompía los cristales de la linterna. Por ello se acordó trasladar el faro a la Torre de Señales o de la Cisterna, ubicada en la margen derecha de la rada de Portopí; este traslado se produce en 1617 y desde entonces el faro se halla situado sobre dicha torre, de factura muy anterior: Su funcionamiento sigue siendo intermitente y consta que en 1674 se encendía desde el día de San Miguel hasta el de Pascua.
Por un informe realizado por los defensores del Colegio de la Mercadería en 1621 se conoce como era la instalación luminosa del faro. Estaba formada por un armazón metálico de círculos de hierro apoyados sobre los correspondientes pies derechos y colocados a diferentes alturas que servían de soporte a unos recipientes de vidrios llenos de aceite donde flotaban las mechas, posiblemente sustentadas por unas latas sobre corchos; el sistema, por las noticias que se tienen del número de lamparillas instaladas a lo largo del tiempo, debía proceder de antiguo. Todo el armazón se encontraba dentro de una linterna con cristales dotada de las salidas de humo y entrada de aire pertinentes para favorecer la combustión. Se conoce que la linterna era de planta cuadrada, con cuatro montantes, y dotada como era habitual en aquel tiempo de cristaleras formadas por piezas relativamente pequeñas con las juntas de plomo; la cubierta o cúpula era así mismo de plancha de este metal.
En el siglo XVIII no se producen grandes variaciones en la señal siendo solo de destacar que el cambio de Administración en 1715 implica el paso del faro, al igual que muchas otras obras públicas, a la competencia del Intendente General, debiendo sostenerse con cargo al Real Erario; pronto vuelve a ocuparse del faro el Colegio de la Mercadería hasta su extinción en el año 1800 en que pasa a depender del Real Consulado de Mar y Tierra el cual dispone su encendido desde el principio de octubre hasta final de abril, apagándose el resto del año, salvo enlos casos de tormentas.
En 1807, se sustituye la antigua instalación luminosa por otra, de bronce, construida por el maquinista suizo Matías Edel, con aparato óptico giratorio no habiéndose implantado aun los adelantos introducidos por Augustin Fresnel. Sigue el modelo de los faros mas modernos del siglo XVIII: catorce lámparas y tres reflectores con espejos parabólicos que giran dando una vuelta cada cinco minutos sobre un soporte de rodillos y produciéndose un eclipse de minuto y medio, tras largos destellos de diez segundos. Este aparato sufrió averías al poco tiempo y experimentó diversas modificaciones en los años 1833 y 1847.
En 1913 se produce una variación en la instalación luminosa que pasa a ser de óptica giratoria con lentes de Fresnel, con una combinación de lentes de haz unidireccional con otras de haz en horizonte o en abanico; esta instalación perdura hasta 1927 en que se vuelve a los reflectores con la instalación actual; el primer aparato de los mencionados daba luz fija blanca variada con destellos cada tres minutos; el actual produce dos destellos cada 15 segundos. En 1927 se produce también la sustitución de la linterna, por otra moderna de montantes inclinados lo que produce una ligera modificación y recrecimiento del torreón para recibirla, quedando tal como se observa en la actualidad; fue la primera linterna de montantes inclinados instalada en Baleares. El iluminante utilizado durante la Edad Media fue el aceite de oliva que continuó hasta el siglo XIX; en 1859 se sustituye por la parafina de Escocia, en 1901 por el petróleo y, por último, en 1918, se electrifica.
En el nuevo balizamiento del Puerto acordado en 1958 se dispone la sustitución del faro por una luz ubicada en el primer ángulo del Dique del Oeste, con igual apariencia. Ello da lugar al apagado del faro el 24 de Agosto de 1972 en virtud de la O.M. de 22 de julio anterior; no obstante, en 1974 con una reestructuración del balizamiento vuelve a encenderse, con igual apariencia. En todo momento la Junta del Puerto realizó una vehemente defensa de la permanencia del faro, no ya solo por razones técnicas para seguir funcionando como faro de recalada del puerto sino por un carácter histórico. La "Torre de Senyals" fue declarado monumento histórico-artístico nacional por R.O. de 14 de agosto de 1983.

· Exposición de Señales Marítimas: a principio de los años 80 el entonces Director del puerto de Palma, Rafael Soler Gayá, emprendió la tarea de recoger, restaurar y clasificar las instalaciones y equipos de señales marítimas en desuso que estaban dispersos por los distintos faros de Baleares. En 2004 se acondicionó el edificio anexo al faro para realizar una exposición permanente con ese material y acercar al visitante la historia de la señalización marítima y su evolución en las Illes Balears. Asimismo se han habilitado otras dependencias para crear un archivo documental con los libros de servicio y la correspondencia conservados en los faros de las islas desde mediados del siglo XIX hasta nuestros días.

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