Die fünf Häfen, aus denen die Hafenbehörde der Balearen gegenwärtig besteht, sind allesamt tausendjährige Anlagen. Während eines Großteils ihrer Geschichte wurden sie durch diverse lokale Einrichtungen verwaltet; erst ab dem 19. Jh. wurden sie dem spanischen Entwicklungsministerium unterstellt – zunächst direkt, später dann über eigene Organismen.

Der Hafen von Palma war einer der ersten, der über ein eigenes Verwaltungsorgan verfügte. 1872 wurde unter dem Namen Junta de Obras die Bauverwaltung des Hafens von Palma geschaffen und bestand mit zahlreichen Namensänderungen (Junta de Obras y Servicios del Puerto de Palma in 1928, Junta del Puerto de Palma in 1968 und Junta de los Puertos del Estado de Baleares in 1990) bis 1992.

Die Häfen von Alcudia, Mahon, Ibiza und La Savina dagegen unterstanden weiterhin direkt dem Entwicklungsministerium bis 1928, als die von der Zentralen Hafenverwaltung abhängigen Verbände gegründet wurde. Von da an wurden die Häfen bis 1988 von den sogenannten Hafengruppen oder Verwaltungsausschüssen geleitet, die mit der Zeit in die Hafengruppen der Balearen integriert wurden.

So gab es anfangs jeweils einen Verwaltungsausschuss in Mahon und in Ibiza und eine Hafengruppe in Mallorca und Cabrera. Ab 1956 und mit einer kurzen Unterbrechung in den Jahren 1962 und 1963, in der die Dienststellen für jede einzelne Insel – mit Ausnahme von Palma, das über ein eigenes Verwaltungsorgan verfügte – wieder eingerichtet wurden, schlossen sie sich zu einer einzigen Dienststelle, der Hafengruppe der Balearen, zusammen. In jedem Fall waren diese Hafengruppen keine eigenständigen Organisationen, sondern einfache Dienststellen, die von einer zentralen autonomen Behörde mit Sitz in Madrid abhängig waren.

Durch ein Königliches Dekret des Jahres 1988 wurden die Häfen von Alcudia, Mahon, Ibiza und La Savina in die Hafenbehörde Palma integriert, sodass die Hafengruppe der Balearen aufgelöst wurde. Der Zusammenschluss dieser Häfen war mit einer Namensänderung der Behörde verbunden, die per Königlichem Dekret vom 9. März 1990 in die Verwaltungsbehörde der staatlichen Häfen der Balearen umbenannt wurde.

Das im November 1992 verabschiedete Gesetz über Staatliche Häfen und die Handelsmarine, das heute das staatliche Hafensystem regelt, sorgte für eine tief greifende Veränderung der Hafengesetzgebung. Die Häfen wurden zu öffentlich-rechtliche Körperschaften, deren Verwaltung dem Privatrecht unterliegt.

Als gemeinsame Bezeichnung für alle Häfen wurde mit dem Gesetz der internationale Begriff „Port Authority“, sprich: Hafenbehörde, eingeführt, die über die öffentlich-rechtliche Körperschaft Staatliche Häfen mit dem spanischen Entwicklungsministerium verbunden ist. Diese öffentlich-rechtliche Körperschaft ist für die Umsetzung der Hafenpolitik der spanischen Regierung und für die Koordination und Effizienzkontrolle des Hafensystems zuständig, das aus 28 Hafenbehörden besteht, in denen wiederum die 44 Häfen von allgemeinem Interesse erfasst sind.