Los cinco puertos que forman actualmente la Autoridad Portuaria de Baleares son, todos, puertos milenarios. Durante un gran período de su historia han sido gestionados a través de organismos locales diversos; no es hasta el siglo XIX, que pasan a depender del Ministerio de Fomento, inicialmente de forma directa y después mediante órganos propios.

El puerto de Palma fue uno de los primeros que dispuso de un organismo de gestión propio. En 1872 se creó la Junta de Obras del Puerto de Palma que, con sucesivos cambios de denominación (Junta de Obras y Servicios del Puerto de Palma- 1928- , Junta del Puerto de Palma-1968- y Junta de los Puertos del Estado de Baleares-1990-), existió hasta 1992.

Los puertos de Alcúdia, Maó, Eivissa y la Savina, en cambio, continuaron con el sistema de dependencia directa del Ministerio hasta 1928, año en el que se crean las agrupaciones dependientes de la Junta Central de Puertos. Desde entonces y hasta 1988 fueron gestionados por los Grupos de Puertos o Comisiones Administrativas, entidades que, con el tiempo, se integraron en los Grupos de Puertos de Baleares.

Así, inicialmente había una Comisión Administrativa en Maó, una en Eivissa y un Grupo de Puertos formado por los puertos de Mallorca y Cabrera; pero a partir de 1956, y con un breve intervalo entre 1962 y 1963 en el que se restablecen los servicios por islas- con excepción de Palma, que dispone de su propia Junta-, se integran en un único servicio, el Grupo de Puertos de Baleares. En cualquier caso, estos Grupos de Puertos no eran organismos autónomos, sino simples servicios dependientes de un organismo autónomo central con sede en Madrid.

Por Real decreto de 1988, los puertos de Alcúdia, Maó, Eivissa y la Savina se integran en la Junta del Puerto de Palma, de manera que el Grupo de Puertos de Baleares desaparece. La integración de estos puertos produce el cambio de nombre del organismo, que pasa a denominarse Junta de los Puertos del Estado en Baleares, por Real decreto del 9 de Marzo de 1990.

La Ley de Puertos del Estado y de la Marina Mercante (noviembre de 1992) por la que hoy se rige el sistema portuario de titularidad estatal, supone una profunda transformación en la legislación portuaria. Los puertos pasan a ser Entes Públicos que aplican en su gestión el Derecho Privado.

Como denominación común a todos ellos la Ley introduce el término internacional de Port Authority, Autoridad Portuaria, vinculada al Ministerio de Fomento a través del Organismo Público Puertos del Estado, encargado de la ejecución de la política portuaria del gobierno y de la coordinación y control de eficiencia del sistema portuario formado por 28 autoridades portuarias en las que se engloban los 44 puertos de interés general existentes.