Els cinc ports que formen actualment l’Autoritat Portuària de Balears (Alcúdia, Eivissa, Maó, Palma i la Savina) són tots ports mil·lenaris. Durant un llarg període de la seva història han estat gestionats a través d’organismes locals diversos; no és fins al segle XIX que passen a dependre del Ministeri de Foment, inicialment de forma directa i després mitjançant òrgans propis.

El port de Palma va ser un dels primers que va disposar d’un organisme de gestió propi. El 1872 es va crear la Junta d’Obres del Port de Palma que, amb successius canvis de denominació (Junta d’Obres i Serveis del Port de Palma -1928-, Junta del Port de Palma -1968- i Junta dels Ports de l’Estat de Balears -1990), va existir fins al 1992.

Els ports d’Alcúdia, Maó, Eivissa i la Savina, en canvi, continuaren amb el sistema de dependència directa del Ministeri fins al 1928, any en què es creen les agrupacions dependents de la Junta Central de Ports. Des de llavors i fins al 1988 varen ser gestionats pels Grups de Ports o Comissions Administratives, entitats que, amb el temps, es varen integrar en els Grups de Ports de Balears.

Així, inicialment hi havia una Comissió Administrativa a Maó, una a Eivissa i un Grup de Ports format pels ports de Mallorca i Cabrera; però a partir de 1956, i amb un breu interval entre 1962 i 1963 en el qual es restableixen els serveis per illes –amb excepció de Palma, que disposa de la seva pròpia Junta-, s’integren en un únic servei, el Grup de Ports de Balears. En qualsevol cas, aquests grups de ports no eren organismes autònoms, sinó simples serveis dependents d’un organisme autònom central amb seu a Madrid.

Per Reial decret de 1988, els ports d’Alcúdia, Maó, Eivissa i la Savina s’integren en la Junta del Port de Palma, de manera que el Grup de Ports de Balears desapareix. La integració d’aquests ports produeix el canvi de nom de l’organisme, que passa a denominar-se Junta dels Ports de l’Estat a les Balears, per Reial decret de 9 de març de 1990. La Llei de ports de l’Estat i de la marina mercant (novembre de 1992), per la qual avui es regeix el sistema portuari de titularitat estatal, suposa una profunda transformació en la legislació portuària. Els ports passen a ser ens públics que apliquen en la seva gestió el Dret Privat.

Com a denominació comuna a tots ells, la Llei introdueix el terme internacional Port Authority, Autoritat Portuària, vinculada al Ministeri de Foment a través de l’Organisme Públic Ports de l’Estat, encarregat de l’execució de la política portuària del govern i de la coordinació i el control d’eficiència del sistema portuari, format per 28 autoritats portuàries, en què s’engloben els 44 ports d’interès general existents.